Seit 2013 unterrichtet Michael Ebert an der Fachhochschule Hannover im Studiengang "Fotojournalismus und Dokumentarfotografie". Der Studiengang ist die führende Ausbildungseinrichtung für Fotojournalismus und Dokumentarfotografie in Deutschland und sieht seinen Schwerpunkt in der "wirklichkeitsbezogenen Fotografie". Darunter verstehen wir die journalistische und dokumentarische, fotografische Auseinandersetzung mit der Außenwelt, ausgehend von der situativen und örtlichen Realität. Dabei interessiert  vor allem die persönliche Interpretation der Wirklichkeit. Dies verlangt immer auch die Entwicklung einer Haltung zum Objekt selbst und zum Medium Fotografie. Außerdem ist der Studiengang Veranstalter des zweijährig stattfindenden Lumix Festivals für jungen Fotojournalismus, das 2008 auf dem Expo-Gelände in Hannover vielbeachtete Premiere hatte und im Juni 2018 bereits zum sechsten Mal stattfindet.

2008 gründete Michael Ebert gemeinsam mit Prof. Dr. Renatus Schenkel an der Hochschule Magdeburg-Stendal den ersten deutschen Studiengang für Bildjournalismus, der inzwischen keine Studierenden mehr aufnimmt. Der anwendungsorientierte Studiengang mit den beiden Schwerpunkten Fotojournalismus und Bildredaktion bildete fast acht Jahre zum Fotojournalisten und Bildredakteur aus. Im Rahmen seiner Lehrtätigkeit hat Michael Ebert dort zahlreiche Projekte realisiert. Beispielsweise gemeinsam mit dem Landesfrauenrat Sachsen-Anhalt die Fotoausstellung "Wir sind hier!" und die landesweite Plakatkampagne "Jung.weiblich.engagiert". 2013 hat der Studiengang mit Unterstützung des Anbieters vor-ort-foto auch die erste Studie zum Einsatz von Fotografie in der Unternehmenskommunikation vorgelegt. Im Moment unterrichtet Michael Ebert an der Hochschule im Masterstudiengang Sozial- und Gesundheitsjournalismus.